Utiliser iRods

16 Avril 2018

Pour utiliser iRods, il faut commencer par installer les commandes puis configurer le chemin d'accès à ces commandes et enfin définir les paramètres de connexion au serveur. Et bien sûr disposer d'un compte iRods.

A chaque session, il faudra définir l'emplacement des commandes iRods.

Une seule fois par site d'utilisation - le CC, son poste personnel, les stations de son institut - il faudra définir les paramètres de connexion à iRods.

AU CENTRE DE CALCUL DE LYON, la définition de l'emplacement des commandes iRods se fait par:

irods_env 4.2.2

Pour votre poste personnel, libre à vous de créer un script similaire.

Pour initialiser les paramètres de connexion, il faut exécuter la commande: iinit.

Cette commande pose plusieurs questions. Les paramètres de connexion sont envoyés par courrier.

Le mot de passe est envoyé dans un courrier séparé. Celui-ci est généré automatiquement mais on peut le changer grâce à ipasswd. Ceci dit, les paramètres de connexion étant conservés dans des fichiers codés, le mot de passe n'est plus demandé ensuite.

Les commandes iRods miment souvent les commandes UNIX, mais avec un "i" initial. Par exemple, pour visualiser les répertoires, on utilise ils.

Le transfert des fichiers est un peu plus compliqué:

• copier un fichier iRods en local: iget
• copier un fichier local dans iRods: iput
• copier un fichier d'un répertoire iRods vers un autre répertorie iRods: icp
• déplacer un fichier d'un répertoire iRods vers un autre répertorie iRods: imv

Pour plus d'information:

• (la note d'origine faisait état d'une page proposant des distributions des clients Irods, mais cette page semble avoir disparue)

• une description des commandes iRods est disponible à la page: https://docs.irods.org/4.2.2/icommands/user